Существует несколько классификаций томатов. Наиболее полной классификацией рода Lycopersicon является классификация американского профессора Ч. Рика (C.M.Rick; 1915—2002), который описал 9 видов томатов:
- Lycopersicon chilense
- Lycopersicon chmielewskii
- Lycopersicon cheesmanii
- Lycopersicon esculentum
- Lycopersicon hirsutum
- Lycopersicon parviflorum
- Lycopersicon pennellii
- Lycopersicon peruvianum
- Lycopersicon pimpinellifolium
В России принята традиционная классификация Брежнева. В ней томаты рассматриваются как представители рода Lycopersicon Tourn. В 1964 году Д. Д. Брежневым — советским растениеводом-селекционером в роде Lycopersicon было выделено три вида:
- томат перуанский Lycopersicon peruvianum Brezh
- томат волосистый Lycopersicon hirsutum Humb. et Benp
- томат обыкновенный Lycopersicon esculentum Mill.
Современные ботаники, придерживающиеся филогенетического подхода, считают род Lycopersicon парафилетическим, на основании чего томаты приписывают к роду Паслён (Solanum). В связи с таким подходом одни и те же растения имеют синонимичные названия:
- Томат обыкновенный Lycopersicon esculentum Solanum lycopersicum
- Томат перуанский Lycopersicon peruvianum Solanum peruvianum
- Томат смородинный Lycopersicon esculentum ssp. pimpinellifolium Solanum pimpinellifolium
На практике, садоводы продолжают пользоваться традиционными названиями, тогда как в строго ботанической литературе употребляется второй вариант.